Cuando se inauguró el Museo en 1985, los criterios aplicados al diseño de la distribución, instalación y presentación de las obras estuvieron determinados tanto por los referentes museográficos del momento como por las características físicas y formales del edificio, y muy especialmente por la configuración, volumen y diversidad que las colecciones tenían entonces. Como es obvio, la museografía y las técnicas expositivas han evolucionado considerablemente a lo largo de los últimos años, pero además la experiencia acumulada en el progresivo y permanente proceso de recíproca adaptación del edificio a su nueva función museística y de cada una de las obras artísticas que iban componiendo las colecciones a las simultáneas interacciones con las demás obras y con los ámbitos arquitectónicos y expositivos que las acogen, junto con el gran incremento numérico y la relativa diversificación que habían experimentado más de quince años después, aconsejaban llevar a cabo una serie de actuaciones que permitiesen redefinir y renovar, en líneas generales, aquellos criterios iniciales.
Así pues, las reformas del edificio llevadas a cabo en el año 2001, que consistieron fundamentalmente en actualizar y ampliar los sistemas e instalaciones de climatización y en cubrir el patio central mediante una cúpula translúcida, ligera y reversible, eran el primer paso necesario para, de manera simultánea, reordenar la distribución de las colecciones en las distintas plantas y salas del museo (siendo las modificaciones más destacables la reunión en planta baja de todas las esculturas de carácter monumental, el cambio total de ubicación y diseño de la sala de cartones, y el traslado de todos los dibujos -instalados en vitrinas murales completamente nuevas y con tratamiento idéntico, al margen de que compartan o no el soporte-) y renovar diversos aspectos museográficos en la instalación y presentación de las obras, con el objetivo de lograr que su disposición sea lo más coherente posible y responda a criterios unitarios de carácter global, aunque inevitablemente condicionados por las características y limitaciones espaciales del edificio, propiciando un discurso expositivo y argumental que combina lo sincrónico y lo diacrónico, agrupando y relacionando las diferentes obras -esculturas, dibujos, grabados, joyas- tanto por conexiones cronológicas como por factores temáticos, técnicos y estilísticos, logrando mayor riqueza y densidad de contenidos en aquellos casos en que ha sido posible la concurrencia de todas o casi todas las variables.
