El Museo de Ciencias Naturales de la Universidad de Zaragoza fue creado por acuerdo unánime del Consejo de Gobierno de la institución el 24 de junio de 2013, y su creación ha sido autorizada por Orden de 1 de julio de 2014 del Departamento de Educación, Universidad, Cultura y Deporte del Gobierno de Aragón; autorización que implica la integración en el Sistema de Museos de Aragón, con las consecuencias que de ello se derivan en aplicación de la normativa sectorial autonómica: Ley 3/1999, de 10 marzo, del Patrimonio Cultural de Aragón, Ley 7/1986, de 5 de diciembre, de Museos de Aragón, y Decreto 56/1987, de 8 de mayo, de desarrollo parcial de la Ley de Museos de Aragón. En consecuencia se trata de un museo de carácter público.
Sus fondos fundacionales están formados por dos colecciones: la Longinos Navás, depositada por la Compañía de Jesús en 1988 en la Universidad de Zaragoza y la de Paleontología, integrada fundamentalmente por piezas procedentes tanto de las excavaciones llevadas a cabo por la Universidad en territorio aragonés, como de otras partes de España y del mundo. Este material es en su mayor parte de titularidad pública, tanto de la propia universidad como del Gobierno de Aragón.
El Museo posee dos espacios diferentes, uno dedicado a la exposición permanente situado en el Paraninfo de la Universidad y el segundo ubicado en la Facultad de Ciencias de la propia Universidad donde se encuentran el almacén y el laboratorio de preparación de fósiles. Vamos a detallar brevemente estos espacios.