Alma Mater Museum dispone de una exposición permanente del Alma Mater Museum, desde su acceso por el paseo del Ebro y recorriendo la zona del torreón que albergó la primera residencia del obispo don Pedro de Librana, después de que Alfonso I el Batallador conquistara la ciudad musulmana de Saraqusta en la navidad de 1118, hasta la última gran sala que, antiguamente, fue lugar de celebraciones y desde la que se accedía a las estancias de habitación del arzobispo, ubicadas en la torre que cerraba el palacio por el lado este.
Además de otras exposiciones y actos temporales.